长江中游江湖关系变化显著影响通江湖泊的生态健康，是项目四研究的重点方向之一。张奇、李云良研究员等人基于地面站点观测数据、高分辨率遥感数据，选择湖泊水域生态的指示性指标，结合湖泊-长江水沙模型，揭示了江湖关系新态势下鄱阳湖的生态响应特征。研究发现，2000年以来，长江对鄱阳湖的顶托和倒灌作用持续减弱，2010-2020年的十年间，长江倒灌鄱阳湖的水量和倒灌天数为历史最低，为前60年多年平均倒灌天数的1/3。江湖关系的持续调整极大影响鄱阳湖的水文水动力状况，湖泊低枯水位频发，水沙平衡破坏，鄱阳湖流速、泥沙含量、水温、营养物浓度等都发生极为显著的改变。利用“长江模拟器”的湖泊模块数值模型，以水鸟、鱼类、藻类、底栖动物等生态因子为指示指标，模拟评估了水沙条件改变对不同生态因子潜在生境空间的影响，揭示了鄱阳湖季节性水文节律在维持生物多样性和生态系统稳定性中的重要作用。

基于相关研究，项目组撰写的决策信息参考《关于鄱阳湖生态环境的再认识与治理的再探讨》，递交江西省人大，得到江西省人大马志武副主任的批示（2021年6月2日）。研究成果还受到新华社报道（2021年4月18日），点击量近百万次，引起了广泛的社会关注。